دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی چابهار در سال 1356 با همکاری دانشگاه ساوت هامپتون انگلستان و دانشگاه سیستان و بلوچستان تأسیس شد. این پروژه تحصیلی که در آن زمان پرهزینه‌ترین پروژه‌ی خاورمیانه بود وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تقبل نمود.
ایران در چهار ده اخیر ناوگان تجاری و نفتی و همچنین بنادر دریایی خود را شدیداً توسعه داده به طوری که دارای رتبه‌های مهمی در سطح بین‌المللی و آسیا و منطقه خاورمیانه کسب کرده لذا تعلیم و تربیت نیروهای متخصص جهت شناورهای دریایی و دیگر مؤسسات دریایی برای این کشور نه تنها لازم بلکه جنبه‌ی حیانی و استراتژیک دارد.
در سال‌های نخست انقلاب اسلامی شکوهمند (1359 تا 1362) برای مدتی کوتاه فعالیت‌های مرکز متوقف گردید و چند سالی فعالیت‌های خود را در زیرمجموعه دانشگاه سیستان و بلوچستان انجام داد.
به دلیل مسئولیت‌های سنگین تخصصی در قبال بین‌المللی دولت جمهوری اسلامی ایران که امضا کننده به کنوانسیون 95 STCW و لزوم اجرای نیازمندی‌ها و الزامات ناشی از آن مشکلات متعددی در راه فعالیت و رشد این دانشکده در زیرمجموعه دانشگاه سیستان و بلوچستان به وجود آمد که وزارت علوم برای فائق آمدن به آن‌ها رأی به استقلال آن از دانشگاه سیستان و بلوچستان گرفت.
مرکز از تاریخ استقلال دارای اساسنامه مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و شخصیت حقوقی و مستقیماً وابسته به این وزارت می‌باشد.
حدود و مساحت دانشگاه:
محوطه دانشگاه در شمال شهر چابهار در ساحل خلیج به مساحت حدود 30 هکتار 
قرار دارد. از شمال مجاور اسکله شهید کلانتری به طول 440 متر از جنوب به دیوار شیلات به طول 420 متر از شرق به بلوار شهید ریگی به طول 720 متر از غرب به ساحل خلیج چابهار به طور 760 متر.
اهداف دانشگاه:
هدف از تأسیس دانشگاه تعلیم و تربیت نیروهای متخصص متعهد در رشته‌های دریانوردری و علوم دریایی و انجام فعالیت‌های پژوهشی مربوط، همسو با ضوابط و استانداردهای ملی و بین‌المللی می‌باشد.
سیاست دانشگاه:
سیاست کلی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از تأسیس دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی، تعلیم و تربیت نیروهای متخصص متعهد در رشته‌های دریانوردی و علوم دریایی و انجام فعالیت‌های پژوهشی مربوطه، همسو با ضوابط و استانداردهای بین‌المللی است. از آنجایی‌که این دانشگاه از نظام آموزشی بین‌المللی تبعیت می‌کند لازم است همواره توسط نمایندگان سازمان جهانی دریانوردی (IMO) مورد ارزیابی قرار گرفته تا از ایمنی دریانوردی ناشی از نیروی انسانی دریانوردی اطمینان حاصل شود. در هیمن راستا سیستم مدیریت کیفیت براساس الزامات کنوانسیون بین‌المللی 95 STCW و استاندارد 2000، 9001 ISO در این دانشگاه استقرار یافته است.
دانشکده‌ها:
دانشکده پس از استقلال کامل و تغییر عنوان از مرکز آموزش عالی به دانشگاه دارای سه دانشکده و یک گروه علوم پایه می‌باشد. این دانشکده‌ها و رشته‌های زیرمجموعه هر کدام به شرح زیر است:
دانشکده مهندسی دریا:
کارشناسی دریانوردی، کارشناسی مهندسی کشتی، کارشناسی الکترونیک و مخابرات دریایی، مهندسی کشتی‌سازی
دانشکده حمل و نقل دریایی:
مدیریت و بازرگانی دریایی، مترجمی زبان انگلیسی دریایی
دانشکده علوم دریایی:
شیلات
گروه علوم پایه:
این گروه با ارائه دروس اساسی و پایه که در سایر رشته‌ها مشترک می‌باشد در دانشگاه فعال است. دروسی که به وسیله گروه علوم پایه ارائه می‌شوند عبارتند از: ریاضیات، فیزیک، شیمی، کامپیوتر، آمار، ادبیات و تربیت بدنی.
